通过生物治理的生态自我修复方法，可以从根本上长期有效地改善黑臭河道水质，这是近年来国内外发展非常迅速的一种方法。自然水体的自净和修复，主要是通过水体中微生物的作用来吸收和转化水中的污染物和富营养化氮、磷。重建水体微生物系统是解决城市黑臭水体问题的有效方法。生态自我修复方法主要包括微生物强化技术、生物膜技术、植物精华技术和生物生态净化技术。
为了全面提高城市黑臭水体的治理效果，必须充分认识河流污染的类型，调查黑臭水体的成因，针对不同水体落实“一河一策”的治理理念。从控制污染源、 消减内源等方面着手治理，增强水体自净能力和水生态修复能力，完善长效机制，引入“河长制”，加强管理。黑臭水体的处理需要多种专业的配合，如环境、水力、景观等。它具有系统性、综合性和复杂性的特点。只有通过切割疏通，将活水清源与生态养殖相结合，坚持长期治理，我们才能恢复水体的自然功能和美学价值，给人们一个满意的答案。